由于屋頂花園設計受一些條件的限制，因此對植物的選擇有一定的特殊要求，如選擇抗旱抗寒性強的低矮灌木和草本植物；選擇陽性、耐瘠薄的淺根植物；選擇抗風、抗倒伏、耐澇的植物種類；冬季選擇能在露地越冬的常綠植物；盡量選擇鄉土植物，引進新品種進行綠化。

花卉和灌木是建造屋頂花園的主要部分。要盡量搭配四季的花，注意根據季節的變化選擇樹。應該多選用觀賞性和有意義的樹種，如紅酸枝、石南、蘇鐵、書、梅、蘭、竹、菊、松等。邊緣植物在屋頂花園中應用廣泛。在花壇周圍或樹下、灌木下種植一些邊緣植物，有很大的魅力。同時也充分利用了祭壇的一角。邊緣植物可以是麥冬、扁竹葉、小葉女貞、楊迪花等。這樣可以避免底層，留白，少裸土。

帶有卷須和倒刺的攀緣植物，如爬山虎、紫藤、常春藤、鞭炮等，通常用于花園屋頂的墻面綠化。

草坪和蕨類植物是屋頂花園中應用最廣泛的地被植物。比如矮刺柏和仙人掌科，各種草坪如高羊茅、天鵝絨草、吉祥草、麥冬、大蔥、向日葵、紅綠草、鳳尾珍珠等。

綠籬植物通常種植在種植區的邊緣，雕塑噴泉的背景或景點。它的存在讓種植區處于一個有組織的安全環境中，也可以作為一個獨立的景點，但切記不要以主人自居。